蒲宗孟还参加过给皇帝修起居注和修国史的工作，后又升为翰林学士兼待读。翰林学士负责为皇帝起草诏书，待读是给皇帝讲学的，都是非常接近皇帝的职务。有一天，神宗对蒲宗孟说："翰林学士的职务很清高，又很接近君主，不是其他官员能比的。"于是赏赐蒲宗孟官服上佩戴金鱼。学士在官服上佩戴金鱼，是从薄宗孟开始的。在蒲宗孟任翰林学士兼待读期间，枢密都承旨张诚一很放肆专横。他的地位在学士之上，更加接近皇帝和经常参与重大政事。他经常假借皇帝有什么旨意来威胁其他官员，蒲宗孟觉察到这一点，就到皇帝跟前问皇上究竟有没有这些旨意，结果都是假的。皇上从这件事看出了蒲宗孟这个人刚正不阿，于是加封他为尚书左丞，后来，又升迁他为资政殿学士。

　　蒲宗孟晚年，出任过豪州、杭州、郓州知府。郓州在今山东，靠近梁山泊，历来多强盗。蒲宗孟到了那里，严厉打击盗匪，终于把盗匪治理得差不多了。但是，蒲宗孟的措施也太残忍了一些，即使是一些小偷小摸的人，只要被抓住了，也要将其脚筋割断，而且有时候并没有把情况完全弄清楚，冤枉好人的时候也是有的。因此，史书上批评他"为政惨酷"。

　　蒲宗孟最后任河中知府，到任后不久就病死在任上。蒲宗孟与北宋理学家周敦颐友善，将其妹许与周敦颐为妻。

　　蒲宗孟善于读书，学问也是很高的。他经常告诫子弟："寒可无衣，饥可无食，书不可一日无。"他著有文集50卷，奏议20卷，今己失传。他还在家乡修了一座"清风楼"专门藏书，供后人诵读，这是南部县最早的私人图书馆。

　　蒲宗孟初为官时，任观察推官，后调入朝中任著作郎，在馆阁中校正文书、档案，制定各种制度。不久又到集贤殿校勘整理书籍。

　　那时，朝廷在专管财赋的三司新设置了一个官职，叫账司，这是财政部门一个重职务，待遇很丰厚而权势也很重。许多人都想得到这个职务，于是不少人到处钻营，拉关系，行贿赂，蒲宗孟却好像不知道有这回事似的。可是执掌三司的大臣把任命的意见报告皇上后，皇上却下旨把这个职务授与了蒲宗孟。蒲宗孟在任这个职务期间，曾被皇上派往湖南一带的荆湖北路、荆湖南路察访民情。蒲宗孟到了那里，了解到那里连年遭受灾害，收成很差，人民的生活非常困苦，特别是辰州、沅州的情况更为严重。于是蒲宗孟将灾情迅速上奏朝廷，并申请免去辰州、沅州的役钱和荆湖南路的丁赋。朝廷批准了他的申请，那里的人民才松了一口气。

　　当时王安石进行改革，推行新法。蒲宗孟积极支持王安石的革新运动，并参与制定了"手实法"。这项新法的内容是：国家把百姓的家产分为五等，每等都规定了具体的标准。老百姓根据自己的田地、房屋、牲畜、货物等申报自己应占的等级，然后根据财产等级确定应该交纳的赋税。这一来，贫穷的人家就可以少交一些赋税，富豪人家就要多交赋税。富豪们如果隐匿自己的财产，允许群众检举揭发。这种新法，对穷苦百姓是有好处的。

　　有一次，神宗皇帝和身边的大臣谈论政事时，感叹人才缺乏。蒲宗孟说："现在的人才很难得，而已有的人才，又被司马光邪说毁掉了一半。"蒲宗孟这样说，可是神宗皇帝却不以薄宗孟的话为然。