第三，企业成为自主科技创新的决策主体、投入主体、利益主体和风险承担主体。这既为企业科学技术进步、经济发展、创造新的生产力提供了充分施展的舞台，也对企业在开发、生产、经营和管理等各方面提出了更高的要求。确立企业自主科技创新主体地位，最终要通过主体对科技创新的准确把握和有效运作，来体现强大的科技创新实力，规避科技创新风险，获取科技创新果实才有意义。
第四，企业是自主科技创新主体，就要求企业具有创新精神和明确的科学技术创新战略，建设科学技术创新体系，健全科学技术创新机制，把科学技术创新作为系统工程来实施科学技术创新管理，以保证企业自主科技创新的成功实践。
现在我国一些企业集团公司改制后，首先以科研开发和销售为突破口，组织优秀的科学技术设计人员成立了研究所，投入近百万、近千万，装备计算机局域网，改善科研设计条件；注重培养和使用技术骨干，广泛延揽人才，并设法稳定技术队伍；按照全新的符合市场经济规律的方式运作，构建有利于科学技术创新的机制，为企业发展上台阶提供有力的技术支撑，为公司科研开发、技术进步，进而真正确立起科技创新主体地位打下坚实基础。使得企业的新产品迭出，水平居国内外领先，客户反映良好，在国内同行业中占据了强有力的优势竞争地位。招标胜数加大。企业依靠自主科技创新的雏形已初具，科学技术中心成为企业腾飞之翼的态势已显现。例如我国汽车行业新秀安徽奇端汽车公司就是一个很好的成功事例。但也有的企业仍遗留不少旧的观念，企业经营以生产为主，生产以现有条件、能力、水平为根据；技术自主创新主体意识淡薄，对企业自主科技创新与企业兴衰息息相关的认识还不够深刻，不懂得科学技术创新投入是企业应该也必须首先保证的生产性投入。导致其生产技术落后，产品跟不上市场变化，效益每况愈下，经营举步维艰。可以这样说，企业作为科技创新主体地位确立以及企业自主创新模式的形成之时，就是企业技术进步，生产力水平提高，经营步入稳定、快速发展轨道之日。
（三）我国企业自主科技创新模式形成过程中存在的若干问题
在我国国家科技进步奖获奖项目中，企业参与完成的项目达到49%；同时，各类企业支出的科研经费已占到全国的六成以上。企业已初步成为国家科技创新投入的主体。然而，我国企业科技创新投入的总规模虽有显著增长，但科技对企业发展的支撑作用较弱，企业的技术密集度较低，还不能说企业已完全成为科技创新的主体。
从投入主体到科技创新主体，企业的这个成长过程为何如此艰难？我国企业科技创新的水平较低。企业的科研投入主要分三个方面，基础研究、产品的实验开发研究和前瞻性战略高技术研究，而我国企业的科研投入主要集中在产品的实验开发研究这个非常低的层次上，这就使我国企业难以掌握核心技术，对外部技术的吸收能力也较差。