值得关注的是，科技创新离不开科技投入，但不同地区对r＆d活动相同的经费投入并不一定带来相同的产出，科技产出不仅仅取决于经费投入和人力投入指标。因此，如果说对科技活动和教育活动的不断投资增强了科技创新的物质基础和人力基础，从而间接地反映出一个地区的创新能力或潜力的大小的话，那么一个地区的知识积累程度和技术产出及聚集能力才可以直接反映出其现实的科技创新能力的大小，因为科技生产本身也有投入产出的效率问题，而科技创新效率在很大程度上取决于创新主体的活力。另外，从知识积累和技术创新到成果转化和产业化的通道是否顺畅，不但取决于风险投资机制、科技园区环境、技术产权交易市场等创新支持系统是否完善，而且还取决于科技创新成果的适用性，科技成果的有效供给会大大提高其转化率。因此，在推进产业升级中，创新主体的自身效率和技术供给的有效性都至关重要。
相对于高校和独立的科研机构而言，企业的创新活动贴近生产领域，导向明确，更有利于创新成果的转化和产业化，转化为现实生产力，因此，以企业为主体的产学研联盟有利于产业结构的优化升级。要强化产学研战略和制度的创新，加快建设和完善城市创新体系，要大力培育创新主体。要解决企业创新主体地位没有完全形成问题和增加技术成果的有效供给，应该着重在科技产权制度和分配制度、科技资源共享机制、产学研战略联盟、风险投资机制、高新技术产业园区建设等方面进一步改革和创新。
第一，深化科技管理体制改革。积极探索建立科技事业单位的出资人制度，按照现代科研院所制度对科研机构进行改革，加快应用开放型科研院所向股份制企业转制。全面推行科研项目社会公开招标制，取消内部委托制，实行由首席专家负责的联合团队攻关。改革科技评价机制，完善科技评价标准，健全科技评价专家库，规范专家遴选程序，建立科技评价意见反馈机制和科技评价监督及申诉机制。在科技类企业中，要积极推行股票期权制或期股制，加大对经营创业者和骨干科技人员的激励力度。要采取切实措施加强对知识产权的保护，依法保护职务发明中个人的合法权益。
第二，加强“产学研”合作。要积极引进国外著名大学、科研机构和跨国公司，实行联合办学，共建实验室、科技创业基地和研发中心。政府要采取优惠政策，鼓励大企业建立自己的研发中心或研究院，吸引跨国公司的研发总部来中国落户。要以重大产业科技攻关项目为纽带，通过市场机制、政策推动、企业运作，促进高校、科研院所和企业建立战略联盟